Stoppiaro deriva il suo nome da stipula o stoppia: stoppia, paglia, campo con le stoppie.
Il toponimo si incontra per la prima volta in un documento del 1353, in cui è citata una buca stuplari, cioè "la confluenza - secondo Calzolari - del canale Stoppiaro in un altro corso d'acqua, forse il canale di S. Martino".
Per secoli Stoppiaro fu zona paludosa e malsana, di frequente invasa dalle acque. Monsignor Marno, che effettuò nel 1544 una visita pastorale all'oratorio di Stoppiaro, scrive che "in esso non si celebra al presente la Messa", perché le acque del Po e del Secchia "invadono quella regione, che è pressoché deserta". È, comunque, aggiunge, "luogo assai antico". In effetti, vi si insediarono - è scoperta recente - anche gli Etruschi.
Nell'Archivio di Stato di Mantova è conservata una pergamena in cui si attesta che homines di Stoppiaro, i1 28 luglio 1484, prestarono giuramento di fedeltà al marchese Francesco, Signore di Mantova. Tra i sottoscrittori c'è un certo Fachetus. I nobili Fachetti erano proprietari di molte terre a Stoppiaro, dove alcuni di essi abitarono stabilmente.
Nell'Archivio Gonzaga sono conservate molte lettere dei Fachetti indirizzate al duca di Mantova. In una di esse, del 6 settembre 1501, Franciscus de Fachetis comunica al duca che"Cristoforo, ocelator de la Mirandola, ha catturato un falco Pelegrino, che ha poi portato a ZohanFranceschino de la Mirandula". I Fachetti ebbero il giuspatronato (cioè il privilegio che spetta ai fondatori di chiese o cappelle di indicare un proprio candidato ad un beneficio ecclesiastico) dell'oratorio di Stoppiaro, dalla sua fondazione sino al 1825. E nel ‘600 sostennero le spese necessarie a sostituirlo con una nuova chiesa, più ampia, dedicata a Santa Maria Maddalena. In gioventù frequentò Stoppiaro Pietro Fachetti (1535 - 1619), pittore e intagliatore, il quale, "dopo aver studiato la pittura sotto i precetti del Costa in sua patria, si trasferì a Roma ad operare di ritratti ed a intagliare nel rame. E da Roma mandò a Stoppiaro, perché fosse esposto in quell’oratorio, un quadro raffigurante la morte di Santa Maria Maddalena, al presente in una collezione privata" (D'Arco).
Alcuni critici gli attribuiscono anche il Compianto del Cristo morto, già nell'antica chiesa di Poggio e trasferito verso la metà del ‘700 nella sagrestia della nuova parrocchiale. Nell'Archivio Gonzaga si trova notizia di altri due Fachetti: Lodovico, che nel 1556 "si acconciò a mettersi al servizio di Giulio Gonzaga, habitans in loco Podii”, e Giovanni, figlio di Ercole, che nel 1650 ebbe dal duca di Mantova la patente di Giudice della Digagna (oggi si direbbe Consorzio di Bonifica) del Canale di S. Martino. Il 7 marzo 1554 Rinaldo Andreasi comunicò al duca che due contadini di Stoppiaro "mi sono stati denun-ciati di haver tagliato l'arzene di Stoppiaro ed haver fatto inundare molto paese qual forse si sarebbe salvato; si chiamano l'un Francesco Pagano, l'altro Agnol di Ghisino". Il 30 luglio 1572 il Commissario di Revere fece presente che "un Cesar Bonaldo habitante in Villa di Stoppiaro in casa sua che cenava li corsero in casa tre homini che li spararono de li archibugiate ne la vita [...]. Per li quali con alcune cortellate gli diedero subito morte".
In vero Stoppiaro non fu mai zona tranquilla, sino a quando non entrò a far parte, nel 1866, del Regno d'Italia. Al confine con Mirandola, fu per secoli abitata, e frequentata, da contrabbandieri, briganti, avventurieri e ladri. I quali, impunemente e senza soverchie difficoltà, attraversavano i confini. "In un senso e nell'altro".
I Signori di Mantova e di Mirandola cercarono, per mezzo dei loro ambasciatori, di accordarsi per stroncare il contrabbando e gli sconfinamenti, demandando alla giustizia dei rispettivi stati malfattori ed assassini. Il duca di Mantova, il 29 giugno 1515, comunicò al Commissario di Revere che la Contessa della Mirandola aveva disposto la restituzione del bestiame "dopo la rappresaglia fatta dai suoi uomini suso il Stoppiaro nostro territorio". E gli raccomandò "di comunicare alla Contessa se resta a recuperar altro. Comunque credevo non essere di suo consentimento che simili disordini seguischano [...]. Circa li feriti: laudamo che si attendi a la liberazione et sanità loro.
Trattati e accordi venivano, però il più delle volte disattesi. E magari proprio da chi era demandato a farli rispettare. Il 30 maggio 1662 il duca di Mirandola chiede, inutilmente, che vengano consegnati alla giustizia del suo stato due suoi sudditi che "in pubblica strada ammazzarono due uomini pure suoi sudditi nei pressi diTramuschio e che presentemente si trovano al Poggio in casa del Signor Marchese Pio Sigismondo Gonzaga, che forse non saprà o non sarà riferito della bruttezza e atrocità del fatto". Padrone della corte Le Stoppiare, nel centro della frazione, era nel ‘500 il marchese Pietro Arrigoni.
Agli inizi dell'Ottocento la maggior parte delle terre di Stoppiaro era ancora di proprietà di nobili mantovani: De Risenfeldt, Sordi, Arrigoni, Strozzi, Lanzoni, principe Nicola Gonzaga.
